É possível desabilitar o uso do CNPJ no cadastro de empresas. Para isso, abra Manutenção - Configurações Especiais e marque a opção Desabilitar formato CNPJ.

Essa opção é marcada quando a empresa necessita ser cadastrada no sistema sem o CNPJ. Neste caso, marca-se essa opção, e em Menu Cadastros - Empresa o campo CNPJ é configurado com "isento", sem o número. Também é possível cadastrar com números em outro formato, como o RG, por exemplo.

Em caso de dúvidas, consulte o Suporte.