Para cadastrar um funcionário que possa fazer o acesso a hora que quiser, mas tenha que cumprir a carga horária do dia, você terá que fazer o cadastro dele da maneira descrita abaixo:

Cadastre o funcionário na tela de Cadastro > Funcionários, e coloque no campo estado, a opção Livre, para que ele possa fazer o acesso no horário que quiser sem que o relógio bloqueie ele. Então entre na tela de Cadastro > Horários e cadastre um horário para ele. Cadastre um horário qualquer desde que tenha a quantidade exata de horas normais que o funcionário deve fazer no dia, para que ele possa cumprir com a carga horária dele. Então marque o Compensado para que o sistema pague como normal todas as batidas não importando que horas que foi feita, até que termine a carga horária dele. Terminando a carga horária o sistema começa a pagar como horas extras. Observação: Você pode marcar o Neutro também se você quiser que o funcionário não ganhe falta.

Na tela de Cadastro > Funcionário salvar esse horário para ele, para que o sistema comece a calcular os horários de acordo com aquele horário.

Observação: enviar as informações para o relógio para que ele libere o funcionário.